No hay comentarios.

IDENTIFICACION

CURSO : HERRAMIENTAS GENOMICAS
TRADUCCION : GENOMICS TOOLS
SIGLA : DBV4020
CRÉDITOS : 10
MODULOS : 2
REQUISITOS : No tiene
RESTRICCIONES : (CARRERA = 113001) O (CARRERA = 112001) O (CARRERA = 111101) O (CARRERA = 111201) O (CARRERA = 111301) O (CARRERA = 111401) O (CARRERA = 120401) O (CARRERA = 120401) O (CARRERA = 120501) O (CARRERA = 120601) O (CARRERA = 120801)
CONECTOR : No tiene
CARACTER : optativo
TIPO : Catedra
CALIFICACION : Estandar
PALABRAS CLAVE : Genomica, bioinformatica, secuenciacion de ADN, marcadores geneticos
NIVEL FORMATIVO : Doctorado


I. DESCRIPCIÓN DEL CURSO

El curso pretende que los estudiantes comprendan las alternativas metodologicas para generar informacion genomica y su posterior analisis usando herramientas bioinformaticas. Para ello, los estudiantes conoceran tecnicas de secuenciacion masiva de ADN, ensamblaje de genomas de novo, identificacion y caracterizacion de la diversidad nucleotidica, transcriptomica comparativa y analisis del metiloma. El curso utilizara ejemplos en distintos modelos, con hincapie en plantas de importancia agronomica y/o biotecnologica. Finalmente, el curso tiene por objetivo manejar estrategias para la identificacion de genes candidatos y marcadores moleculares con estrategias genomicas.
II. RESULTADOS DE APRENDIZAJE

- Comparar estrategias de secuenciacion masiva de ADN con respecto a sus metodologias y aplicaciones.
- Construir dise?os de experimentos genomicos en relacion a los resultados esperados.
- Conocer estrategias genomicas para el descubrimiento de polimorfismos, diagnostico e identificacion genetica.
- Aplicar estrategias metodologicas apropiadas para el analisis de transcriptomas y metilomas.
- Analizar e interpretar resultados genomicos analizados con herramientas informaticas.


III. CONTENIDOS

1. Presentacion del curso e introduccion a la genomica y estructura de genomas eucariontes.

2. Tecnicas de secuenciacion masiva de ADN de ultima generacion. Secuenciacion por sintesis con terminadores reversibles (illumina).

3. Tecnicas de secuenciacion de ADN de tercera generacion. Secuencion de molecula unica en tiempo real (Nanopore y Pacific Bioscience).

4. Ensamblaje y anotacion de genomas eucariontes.

5. Identificacion y caracterizacion de variantes en el ADN usando estrategias omicas. (Genotyping by Sequencing, custom amplicon sequencing y genotipificacion masiva usando beadarrays).

6. Analisis de transcriptomica compativa (RNA-seq). Dise?o experimental, herramientas de analisis.

7. Analisis de transcriptomica compativa (RNA-seq). Interpretacion y presentacion de resultados.

8. Secuenciacion y analisis de ARN no codificantes.

9. Analisis de metiloma completo por secuenciacion (Methyl-seq). Dise?o experimental, herramientas de analisis e interpretacion y presentacion de resultados.

10. Asociacion de caracteres de interes con regiones del genoma usando GWAS/analisis de QTLs y desarrollo de marcadores moleculares para seleccion asistida.

11. Seminarios: Presentacion y discusion de articulos cientificos 1.

12. Seminarios: Presentacion y discusion de articulos cientificos 2.

IV. ESTRATEGIAS METODOLOGICAS

El curso esta organizado en modulos de clases teoricas y seminarios para la discusion de articulos cientificos.

V. ESTRATEGIAS EVALUATIVAS

Solemne 1 (35%)
Solemne 2 (35%)
Seminario (30%)

VI. BIBLIOGRAFIA

Bibliografia basica:

Hartl, Daniel L. (2020). Essential genetics and genomics-Jones & Bartlett Learning. 7th Edition.

Bibliografia complementaria:

Lesk, A. (2017). Introduction to genomics. Oxford University Press. 3rd Edition

Geraldine A. Van der Auwera, Brian D. O'Connor (2020). Genomics in the Cloud: Using Docker, GATK, and WDL in Terra. O'Reilly Media, Inc.